Een expediteur dient een elektronisch administratief geleidedocument op te stellen dat geldig verklaard is door de autoriteiten in het land van uitvoer. Dit betekent dat de controle op de juistheid van de gegevens gaat plaatsvinden voorafgaand aan het moment waarop de goederen mogen worden verscheept. Bij acceptatie wordt op Europees niveau eenduidig een registratienummer (ARC-nummer) toegekend, welke verwijst naar de betreffende transactie. Een ARC-nummer (Administratieve Referentie Code) bestaat uit een reeks van 21 cijfers en letters. Dit nummer wordt verstrekt door de autoriteiten in het land van verzending en vormt de identificatie van de zending.

In een Europees register van de toegelaten ondernemers vindt de controle plaats op het accijnsnummer, ook wel SEED-nummer (System for Exchange of Excise Data), van de afzender en geadresseerde. Daarna wordt het administratief begeleidingsdocument elektronisch verzonden naar de lidstaat waarvoor de accijnsgoederen bestemd zijn. Gelijktijdig krijgen ook de ontvangende partij en eventueel alle overige betrokkenen bij de transactie een melding. Bij aankomst van de goederen stelt de geadresseerde of diens vertegenwoordigende dienstverlener een “ontvangstrapport” op, waarin potentiele tegenstrijdigheden vermeld staan.

EMCS is geen douaneregeling. Echter, de controle wordt uitgevoerd door de douane en de procesgang van de EMCS-procedure is in eerste instantie vergelijkbaar met de NTCS-regeling voor het douanevervoer. Net als bij NCTS, geschiedt de initiatie en afwerking elektronisch, maar de douane kan tussendoor niet worden geadresseerd en ook kan een douanebeambte het proces niet beeindigen. Bij aanvang van het EMCS-proces moet de ontvanger al bekend zijn en alleen deze genoemde partij kan de goederen ook daadwerkelijk ontvangen. Het in een later stadium wijzigen van de ontvanger is uitsluitend toegestaan na formele in kennisstelling van de autoriteiten over de omleiding van het transport.

Om zeker te zijn dat de douane altijd haar geld krijgt wil ze een bankgarantie als zekerheid. Gedenatureerde alcohol valt niet onder de accijns wetgeving omdat deze niet voor consumptie gebruikt kan worden. Goederenbewegingen moeten voor de douane wel administratief bijgehouden worden. Voor export transacties op basis FOB – zeehaven is ook een EAD verplicht. Deze zal dan zonder vergunningnummer van de ontvanger te noemen verzonden worden en door de douane goedgekeurd aan de verkoper (AGP-houder) geretourneerd worden om de aanzuivering te bevestingen.

Indien u vergunninghouder bent van een “accijnsgoederenplaats” waar u door u zelf ingevoerde accijnsgoederen opslaat (zoals bier, wijn, port, sherry, overige alcoholhoudende producten, minerale olien en tabaksproducten) of van waaruit u dergelijke goederen aan derden uitslaat, kunt u in bepaalde gevallen in aanmerking komen voor vrijstelling van accijns.

U kunt vrijstelling verkrijgen voor de invoer en/of de levering van accijnsgoederen die worden gebruikt voor onderzoek, kwaliteitscontroles en smaaktesten buiten een accijnsgoederenplaats. U dient dan wel in het bezit te zijn van een vergunning om accijnsgoederen voor deze doeleinden in te voeren en/of uit te slaan aan derden.

Transacties binnen de EU vinden ook elektronisch plaats.